故事发生在古老和繁华并存的京都，矢泽信之（杉田智和 配音）所经营的居酒屋阿信坐落在此处，千佳忍（三森铃子 配音）是在店内工作的服务生，两人的搭档行事十分默契。让他们没有想到的是，不知从什么时候起，阿信的大门竟然连接上了异世界阿伊特力亚的入口，每一天，来这里小酌放松的异世界居民们络绎不绝。　　对生啤有着狂热热爱的汉斯（阿部敦 配音）、个性十分爽朗略微有些不拘小节的尼古拉斯（森久保祥太郎 配音）、外表看上去非常凶恶严肃但实际上很温柔的贝特霍尔德（小西克幸 配音）、斤斤计较的税务官格诺特（津田健次郎 配音），他们聚集在阿信里，共同享受着难能可贵的放松时光。

真新镇的少年年满10岁之后，就可以得到训练神奇宝贝的资格。10岁的少年小智（松本梨香 配音）以成为最厉害的神奇宝贝训练大师为目标，即将踏上了修行之旅。小智因为早上赖床迟到，险些失去挑选神奇宝贝的资格，无奈下他领走了一只被挑剩下的神奇宝贝——皮卡丘（大谷育江 配音）。皮卡丘又名电气鼠，虽然长相可爱，但性格含羞内向却又不亲近人类，稍有不满就乱放电电人，暴躁的脾气让小智吃尽了苦头。大木博士把神奇宝贝图和宝贝球作为践行礼物送给了小智。在小智和皮卡丘的前方，神奇宝贝的世界有许多谜题和探险在等着他们，迎接他们的到底是光明还是黑暗，小智能否如愿成为神奇宝贝大师呢？

2006年，为配合NDS版（钻石、珍珠版）的上市，TV动画同步推出全新系列《神奇宝贝钻石&珍珠》（Pokémon Diamond & Pearl，简称DP）。对战开拓区篇结束后，小遥为了独自挑战城都地区的华丽大赛和小智告别，小胜回到了橙华道馆，小刚也回家去了。小智则受到了小茂的激励，独自带着皮卡丘和偷渡的长尾怪手前往神奥地区挑战联盟。 　　新登场的女主角小光，其蓝本取自电玩NDS版。为了成为顶尖协调训练家，小光从家乡双叶镇来到了位于真砂镇的山梨研究所领取最初的神奇宝贝。而同一时间，小智也抵达神奥地区，并在那里和小刚再度会合。机缘巧合，小光救了被火箭队抓走的皮卡丘，三人就一同结伴旅行，展开了新的旅程。 　　《神奇宝贝珍珠&钻石》每周四在日本首播。台湾也由中视进行转播，网络上能够找到前105集的国语配音。