趁着高中入学之机，开始了单身生活的主人公夏目智春。他是那种一眼看上去就觉得普通到没什么特色的高中生。但是呢，还是稍微有点和其他人不同之处。那就是，被青梅竹马的少女・水无神操绪的幽灵附体的事——。　　搬到了新的住所“鸣樱邸”，打算享受轻松快乐生活的智春。然而，他的愿望却被彻底击破了——一位叫作黑崎朱浬的美女受哥哥所托前来交托一个手提箱，却被以巫女打扮登场的少女嵩月奏前来抢夺……　　而更重要的是，得到这个手提箱的人，有着去追寻“世界隐藏之真实”的责任。

　　有着复杂家庭环境的男主角夏目智春在三年前空难意外幸存后，开始被自称守护灵的青梅竹马水无神操绪依凭，在高中开学前搬进了其兄长夏目直贵曾居住过的闹鬼房屋鸣樱邸，同日，穿着黑色服装的美女黑崎朱里受其兄长之托将银色手提箱交给了夏目智春，并唤醒了名为“机巧魔神”的谜之兵器。以得到此手提箱为契机，智春得知了世界隐藏的真实--神舍弃了人类，这个世界曾遭一次毁灭，借助“恶魔”之力再生为“第二度世界” 。被下达了必须运用兵器拯救世界的智春，却又遇上了自称恶魔的巫女，还有同样被幽灵缠上的学生会长等人，男主角身边围绕了众多精彩的各型美少女们，轰轰烈烈的故事也该就此开始了……

　　在星奏学院里，学生被分为两类，一类是就读于普通科的平凡学生，另一类是就读于音乐科的能够看见音乐精灵的演奏天才。在一次偶然中，普通科的日野香穗子（高木礼子 配音）撞见了音乐精灵莉莉（水桥香织 配音）。莉莉赠予了完全不同音律的香穗子一把魔法小提琴，只要和小提琴心意相通，就算是完全没有经验的初学者也可以演奏出美妙的旋律。　　凭借着魔法小提琴，香穗子被选中参加了学校的音乐演奏会。这突如其来的新人遭到了许多学生的妒忌和算计，但香穗子也因此结识了一帮热爱音乐的良师益友。冷酷毒舌的月森莲（谷山纪章 配音），沉默温柔的志水桂一（福山润 配音），开朗率真的土浦梁太郎（伊藤健太郎 配音），双重性格的柚木梓马（岸尾大辅 配音），在和这些天才们相处的过程中，香穗子发现，自己对于音乐的心意渐渐的发生了变化。

　　学校里的音乐大赛结束了。可是日野香穗子仍然一如既往地进行着小提琴的练习。她再次对自己与其它参赛选手之间的实力差距有了认识，但仍然抱着喜欢小提琴的心情全心投入地继续努力着。可是此时有一个看到她练习时样子的少年卫藤桐也，却对她的努力报以冷淡的语言。而且随着星奏学院下一任理长吉罗晓彦的登场，发生了更加令人震惊的事件！在这种情形下，香穗子的面前又出现了一个神秘的转学生加地葵……

　　小日向奏的琴弦：那不是香穗子的琴，而是奏小得时候参加比赛会时琴弦断了，当时参加比赛的另一个人也就是冥加看见了，给小日向奏换了一条金色的琴弦，而小日向奏赢得了比赛，而冥加输给了她。冥加当时还有一个妹妹，他们没有父母，有人看上了冥加的小提琴演奏才华，提出只要赢得比赛就领养他与他的妹妹，但是比赛中遇到了奏，奏偷听到了冥加与别人的交易，知道冥加只要赢了比赛就能被人领养，便故意输给了冥加。冥加觉得那是在侮辱他所尊敬的音乐，所以冥加就对奏怀恨在心，同时也视其为唯一的对手，而奏觉得是自己的演奏伤害了别人，从此以后比赛在不尽力，也失去了她原有的小提琴水平。

　　六年级的小学生进藤光（川上友子 配音）无意中翻出了爷爷家的旧棋盘。触碰棋盘的一瞬间也释放出了寄居在其上的平安时代棋士藤原佐为（千叶进步 配音）的灵魂。附身于小光体内的佐为视棋如命，小光在其软磨硬泡下开始下围棋，接触了一批厉害的棋士，其中不乏他的同龄人。小光开始对围棋产生兴趣并展现了他的天分，而佐为则成为了小光的秘密老师……　　《棋魂》改变自堀田由美的同名作品，漫画由小畑健执笔，并由日本棋院的女棋士梅泽由香里担当监修。当年上映引起轰动后，引发了一股学习围棋的热潮，借由佐为的附身改变了主人公进藤光，讲述了其棋艺和心灵的成长，也在其中普及了围棋知识，意义深远。

　　东叶月（能登麻美子 配音）爱上了身为同性的初美（清水爱 配音），然而，她深爱的人儿却在十六岁生日那天莫名消失了。为了寻找初美，叶月来到了图书馆，在这里，等待着她的是名叫莉莉丝（小林沙苗 配音）的图书管理员。莉莉丝告诉叶月，初美的真身其实正是创世始祖夏娃，此时的她正在无数个平行空间里的某一个中生活。　　莉莉丝意外发现叶月的样貌和亚当很像，因此而爱上了她，于是，两人结伴，踏上了寻找初美的旅途。穿越在一个又一个迥异的世界中，遇见各种各样的旅人，叶月和莉莉丝并不知道，这趟旅途的终点在哪里，亦不知初美是否会在那里等待着她们。

　　一次偶然中，普通少女桃子（小林晃子 配音）与黑猫丹尼尔（清水爱 配音）相遇了。昏倒的桃子醒来后发现自己通身雪白，丹尼尔告诉她，她已经成为了能够掌管他人生死的死神。于是，桃子手持镰刀，和丹尼尔一起，开始了她身为死神的第一天。虽然成为了死神，可是桃子的本性依旧是一个天真烂漫的少女，在处理事件的时候，她总是忍不住的要为了当事人的悲伤经历而伤心落泪。在完成工作的过程中，看着当事人或是满足或是遗憾的离开人世，本来懵懂的桃子也渐渐的找到了生命存在的意义。　　动画改编自作家长谷川启介的同名轻小说，用科幻的方式真实的呈现出人间的种种悲欢离合。因其独特的忧伤的文风，小说和动画在观众群中有着极高的人气。