这是一个发生在神奇的食物世界的冒险故事。为了重补食物世界的创造者女娲的圣典《女娲食谱》，四海（馒头）、包强（包子)、油万金（油条）、巧巧（面条）、呙奎（烧饼）、花小蕾（花卷）和斗斗（饺子）等一群可爱的中国食物，和他们的好友武藏（坚强的寿司武士），驾驶他们的宝船——“蒸盒号”，进行食物世界的大航海历险。

1999年，墜落地球的巨大隕石奪去了整個海洋。與此同時，地球外生物WORM亦開始在世界各地繁殖。為了對抗在一瞬間支配了廣泛地區的WORM，人類成立了對WORM組織ZECT。ZECT開發出幪面超人系統，投入戰場與WORM展開激戰，時間就在這場戰爭中渡過了七年。 　　2006年，在這個沙漠化的地球上，部分ZECT的成員因為不滿組織的束縛而結成獨立團體NEO ZECT，而ZECT亦開始對這群背叛者進行肅清。就在這時，天道總司，即是假面騎士KABUTO的出現，令戰局產生極大變化。 　　ZECT總部得到一顆巨型冰塊彗星正在接近地球，於是提出「天空之梯子計劃」，於大氣層的太空站設置巨型CLOCK UP機器，製造轉移空間把彗星拉往地球，製造出莫大的水源。透過這個計劃，ZECT的權力就會越趨龐大，足以支配地球。 　　ZECT利用連接地球和宇宙的軌道電梯發動「天空之梯子計劃」，而...

　　在南极的冰层深处，一队地质学家发现了一个古老的纳粹实验室，它仍然完好无损，那里曾发生过黑暗实验。为了征服世界，纳粹创造了能够飞行的改良鲨鱼，它们的骑手是基因突变的不死超级人类。一个名为“死肉四人”（在越南阵亡的复活的美国士兵）的弥尔顿特遣部队被召集起来，以防止世界崩溃

　　在每一个角落都被探索完毕的世界中，唯一残留的秘境——大洞穴“阿比斯”。　　不知道延续到何方，深不见底的巨大纵向洞穴，　　栖息着奇妙奇怪的生物们，　　沉眠着现在的人类无法制造的贵重遗物。　　“阿比斯”那充满了不可思议的姿态吸引了人们，并驱使人们展开冒险。　　如此，多次挑战大洞穴的冒险者们，　　陆续得到了“探窟家”的名号。　　住在建造于阿比斯边缘的城镇“奥斯”的孤儿莉可，　　梦想着有朝一日成为母亲那样伟大的探窟家，并解开阿比斯的谜团。　　某天，以母亲莱萨的白笛被发现为契机，　　莉可决定潜入阿比斯深处。　　被莉可捡到的丧失记忆的机器人雷格，　　也为了寻找自己的记忆而决定同行。　　莉可在深界四层中了穿弹兽的毒。　　救了莉可的，是“生骸”娜娜奇。　　娜娜奇也成为两人的同伴，三人的冒险向着波多尔多所在的深界五层进发。　　在那里，他们遇到了一位自称为普鲁修卡的女孩子……

　　成为“第三次冲击”元凶的碇真嗣，变得像废人一样……真嗣还能振作起来吗？2012年《福音战士新剧场版：Q》之后，这部动画讲述了被封印的故事的后续。