刚毕业的医学院学生保本（加山雄三 Yuzo Kayama 饰），在父亲的介绍下，来到穷乡僻壤的小石川诊所实习。他的老师是一位被称作红胡子（三船敏郎 Toshiro Mifune 饰）的古怪医师。起初，向往长崎的保本对这个贫民窟厌恶之极，并迁怒于红胡子，觉得自己受骗上当，无用武之地。 　　红胡子是这里远近闻名的杏林高手，他没有对保本提什么要求，而是默默地行医，不畏权贵，不计酬劳，手下治愈的病人不计其数，其中包括因受虐精神失常的少妇（香川京子 Ky?ko Kagawa 饰），因酗酒导致半身麻木的醉汉，因被贩卖至青楼身患性病的雏妓等等。在协助红胡子救死扶伤的过程中，保本逐渐发现了医德的重要，并修正了自己的人生态度……

日本战国时代，一小山村面临着山贼的威胁，为了保护秋天的收成，村中长老决定让去请武士来保护村子安全，但只能拿出的报酬是一天三顿的白米饭。在城里，他们遭到了武士白眼甚至被打。直到勘兵卫（志村乔饰）的出现，他现今已沦为浪人，几经考虑最后答应了。他对农民说至少需要七名武士，于是久藏（宫口精二饰）、胜四郎（木村功饰）、五郎（稻叶义男饰）、七郎（加东大介饰）、平八（千秋实饰）和菊千代（三船敏郎饰）等六人也加入了队伍，七个人肩负保卫村子的任务。　　整个防御准备的过程中，武士与农民间发生许多摩擦也闹出不少笑话。而在一次偷袭行动中，有武士为救农民被火枪打死，很快山贼的反扑随之而来，一场恶战即将开始。

　　1992年，一架飞碟突然出现日本上空。飞碟走下三名自称时来自23世纪地球联邦机构的官员，他们要求直接与日本首脑对话，敦促日本尽快消灭哥斯拉，防止重蹈未来亡国的命运。　　专事研究各种神秘事件的寺泽健一郎（丰原功补 饰）在未来写过《哥斯拉诞生》一书，其中披露了这只恐怖怪兽诞生的秘密。根据这本书的记载，未来人提出要健一郎、曾在太平洋战争期间目击哥斯拉的恐龙专家真崎洋典（佐佐木胜彦 饰）以及国家超科学研究中心成员三枝未希（小高惠美 饰）乘坐时光机返回1944年的拉哥斯小岛，试图将哥斯拉传送到别的地方。　　寺泽他们的行动取得成功，但是20世纪却出现了另一头怪兽三头金龙王。种种诡异事件的背后，可怕的危机遽然降临……