“TOKYO MER”正式认可半年。为了在全国政令指定城市开展MER，代替离开队伍的音羽（贺来贤人）的第二医生问题让喜多见（铃木亮平）头痛不已。在队伍内希望比奈（中条绫美）升格的声音也提高，不过，音羽断言比奈应该向循环器外科的道前进。比奈也感到压力，烦恼着能不能代替音羽。这时，青户（伊藤淳史）作为支援医生来到MER。青户和音羽一样是厚生劳动省的医科技术官，表面上是作为第二医生候补的派遣，但那里有厚生劳动省方面的想法。　　就在这时，隅田川发生了大型水上巴士和屋形船的碰撞事故。载着很多伤员，失去控制的屋形船暴走了。虽然是赶往现场的MER的成员们，但是因为不能接舷，所以不能进入。并且由于船底内部的燃料泄漏，装载了很多的患者爆炸的可能性被发现！喜多见等人为了救助被遗弃的人们，进行了意料之外的作战。那正是决死的挑战。

　　这一天，身材高大，对篮球有着无限执着的赤木刚宪（三宅健太 配音）、从高一起就担任球队主力的超级新星流川枫（神尾晋一郎 配音）、初中时代曾获得MVP荣誉，在高中时代重新拾起了对篮球的热情的三井寿（笠间淳 配音）、身材矮小却拥有着惊人的速度和高超的运球技巧的宫城良田（仲村宗悟 配音），以及高中时代才开始接触篮球，却拥有着强大的爆发力和无限潜力的樱木花道（木村昴 配音），湘北篮球队的这五人终于站上了全国大赛的赛场，他们所要面对的，是日本最强球队山王工业。　　和激烈的篮球赛同时叙述的，是宫城良田的一生，他从哥哥那里继承了对篮球的激情和信念，却一直都活在优秀的哥哥的阴影之下。该动画电影由漫画《灌篮高手》的原作者井上雄彦亲自操刀，为所有人的青春画下浓墨重彩的句点。